En 1939, el Departamento de Botánica es renombrado como Instituto de Botánica y en 1940, se le denomina Instituto de Ciencias Naturales, que se ha constituido en referente para el país y el mundo del conocimiento de la biodiversidad y de la investigación científica.
El director del ICN, profesor Miguel Gonzalo Andrade, hace un recuento de la trayectoria del Instituto y de los grandes aportes al estudio de la biodiversidad en Colombia, especialmente las investigaciones en taxonomía(línea tradicional) y los giros en ecología, diversidad y conservación, El Instituto lidera y publica revistas como Caldasia, y series especializadas José Jerónimo Triana, y Colombia Biodiversidad Biótica y las guías de campo.
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